沿革
財団法人地球システム総合研究所は、昭和18(1943)年２月に京都帝国大学から当時の文部省に設置申請をして京都帝国大学内に設立された文部科学省所轄の財団法人物理探鉱研究会が、平成17(2005)年6月7日に名称変更を伴う寄附行為（定款）の一部変更が認可されて発足した財団法人である。
設立当時の寄付行為では、理事長は京都帝国大学総長、専務理事は京都帝国大学工学部教授が勤めるとされており、本部事務所も京都帝国大学内にあった。従って設立時の理事長は、当時の京都帝国大学総長羽田亨で、わが国の物理探鉱の揺籃期における研究開発と技術者養成に大きく寄与した。
昭和20（1945）年に第12代総長羽田亨の任期満了に伴い、理事長は第13代総長の鳥養利三郎に引き継がれた。
昭和22（1947）年に寄付行為が一部変更され、当財団法人の本部が京都大学外に移転すると共に、「理事長は理事の互選で決める」と定められ、工学部の物理探鉱学講座の初代教授であった京都大学名誉教授藤田義象が理事長を引き継いで活動してきた。しかし、藤田義象の逝去により、しばらくの間、当財団法人の活動は停滞していた。
昭和57(1982)年３月に京都大学名誉教授吉住永三郎（当時、京都大学工学部教授）が理事長に就任し、主として、電気探査法、特に、ρa-ρu探査法の研究・開発とその有効利用を主たる目的として活発な活動を再開した。
平成15（2003）年には、当財団法人内に、地球統計学研究会、岩盤工学研究会、写真計測研究会、京都地盤研究会が設置され 、地球に関係する広い分野の研究開発と研究・調査の受託、技術指導、研究会・講演会・講習会の開催など、広い分野にわたって活動を開始した。
平成16（2004）年4月に京都大学名誉教授佐々宏一が理事長に就任し、当財団法人の名称を活動実態と整合させるとともに、将来の活動範囲と活動目的を的確に表現している名称と目的にすべきであるとの考え方に基づき、文部科学省へ当財団法人の名称変更を含む寄附行為（定款）の一部変更認可申請書を提出し、平成17年6月7日付けの「16諸文科振第1460号」で、文部科学大臣 中山成彬 殿 から寄附行為の一部変更認可を受け、当財団法人が発足した。 平成22年4月に京都大学名誉教授青木謙治が理事長に就任した。
平成24(2012)年4月1日付けで、「一般財団法人 地球システム総合研究所」に名称変更し、一般財団として登記が完了。